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神經元變性的原因和影響是神經科學家們的主要關注點，目前已有多種檢測神經元變性的方法，包括鍍銀染色和FJC染色方法。

鍍銀染色原理是利用神經原纖維的嗜銀性，先用還原劑將神經細胞還原，然后將銀鹽成分與神經原纖維發生沉淀反應，顯示神經原纖維，從而也顯示了細胞體。

FJC染色是近年來新興的一種神經元熒光染色技術，不僅避免了常規鍍銀染色的繁瑣和高成本，而且可以與其它熒光素標記物結合進行多重熒光染色。相較于其他染料，FJC具有更高的信號背景比，以及更高的分辨率。而且該染料具有高度抗褪色性，幾乎與所有組織學處理和染色方案兼容。

正常腦組織活細胞中的脫氫酶可以將TTC還原成不溶性的紅色穩定的三苯基甲臢(TTF)，如果腦組織存在缺血或細胞死亡，則不能染色或染色較淺。因此可以通過TTC染色來鑒定腦組織梗死區，常用濃度為2%。 

伊文斯藍(Evans Blue)又稱偶氮藍，常用于檢測細胞膜的完整性和細胞是否存活。活細胞因有外排功能而無法被伊文斯藍染成藍色，而死細胞會被染成淡藍色。因此可以檢測血腦屏障通透性。